국립부산과학관 어린이과학관의 로고는 한글을 블록 모양으로 형상화하여 어린이과학관의 핵심가치인 과학, 호기심, 창의를 놀이와 체험을 통해 경험하고 즐길 수 있는 놀이형 어린이과학관을 나타냄.  

 

각 자음과 모음이 연결되는 형태는 과학을 통한 즐거운 경험, 무한한 가능성, 그리고 새로운 세상과의 연결을 의미. 소리의 기반인 모음은 Gray색상으로 어린이과학관의 플랫폼으로써 국립부산과학관과의 연계성을 나타내며, Blue색상은 과학, Orange색상은 호기심, Purple색상은 창의를 상징하여 어린이과학관이 추구하는 핵심가치를 나타냄.